慈祐宮的創建年代，有數種說法，依據連橫所著《台灣通史》：「慈祐宮，在興直堡新莊街，康熙25年建，祀天上聖母。」

《台北廳志》也沿用這說法，加上新莊人口碑相傳的說法，新莊人大都沿用康熙年間所建之說辭。

而余文儀的《續修台灣府志》記載，慈祐宮於雍正9年（1731年）所建；另外，陳培桂的《淡水廳志》則說乾隆18年（1753年）建；又根據廟中所嵌同治12年（1873年）立的《重修慈祐宮碑記》，則明確記載為雍正7年（1729年）。

根據新莊人所傳說的，慈祐宮於康熙25年（1686年）開闢之初，先建小廟加以崇祀。

隨著新莊平原的拓墾發展，移民愈來愈多，香火也日益鼎盛，到雍正年間，新莊因地利之便，成為南北交通要衝與貨物集散中心，成就「千帆林立」的景象；移民在生活安定富足之餘，感念媽祖的庇佑，雍正7年（1729年）由福建運來石材磚瓦、杉木，將過去奉祀媽祖的小廟，改建成相當規模的「天后宮」。

乾隆13年（1748年）新莊街大火，天后宮亦受波及，於是發起重修，同時為避火山之氣，在正殿後面開闢池塘引水鎮火，喻之「美人照鏡」、「倒照觀音」，因當時後村圳以北尚無建築物，池水倒映觀音山影。重修工程直至乾隆18年（1753年）完成，也改稱為「慈祐宮」。